La réparation du préjudice écologique s'effectue par priorité en nature (réparation sur le site endommagé : dépollution, désimperméabilisation des sols, etc.).
En cas d'impossibilité ou d'insuffisance des mesures de réparation, le juge condamne le responsable à verser des dommages et intérêts au demandeur. Ces dommages et intérêts sont affectés à la réparation de l'environnement. Si le demandeur ne peut pas prendre de mesures de réparation de l'environnement, les dommages et intérêts sont versés à l'État afin d'y être affectés.
Dans l'évaluation du préjudice, le juge tient compte, lorsqu'il y en a, des mesures de réparation déjà intervenues.
En cas d'astreinte, le juge peut la verser au demandeur ou à l'État, qui l'affecte à la réparation de l'environnement.
À noter
Indépendamment de la réparation d'un préjudice écologique, le juge, saisi d'une demande, peut prescrire les mesures raisonnables propres à prévenir ou faire cesser le dommage (arrêt des activités ayant causé le préjudice : défrichement, destruction d'espèces protégées, etc.).